材质要根据你的设计计算来选，40Cr直觉没有什么问题。
调质，轴承安装部分高频淬火后磨削(淬火的目的是为了容易保证磨削精度).
防锈处理不需要，因为主轴必然有润滑，内部不会生锈。外部有切削油或磨削液等，也不会生锈。由于是高速主轴，所以，必须注意平衡，中心孔不能偏心，端面的润滑孔，安装孔等必须对称。

磷化膜自身达到20天的防锈期比较难。防锈时间不仅仅与磷化膜有关，还与储存环境密切相关（如相对湿度、环境酸碱度等）。如果非要磷化膜自身达到防锈期20天，可以采用中高温锌钙系磷化，工艺流程如下：
脱脂-水洗-水洗-酸洗-水洗-水洗-表调-磷化-水洗-纯水洗
注意：如果工件无锈，免去酸洗及其后的水洗，磷化后最好烘干。

红丹酚醛防锈漆，但是价格贵有毒，但是防锈效果很好。

看你想要什么样的表面处理了，是镀层，还是磷化类的，还是防锈剂。这方面要求不确定，不好说。